एमालेजस्तै नेकपा-मालेको उत्पत्ति सन् १९४९ मा नेपालमा राणा तानाशाही शासन ढाल्ने उद्देश्यका साथ कम्युनिष्ट पार्टीको स्थापना भएसँगै जोडिन्छ। सन् १९९८ मा नेपाल-भारत महाकाली नदी सन्धिलाई अनुमोदन गर्ने वा नगर्ने भन्ने विवाद उठेपछि नेकपा-एमाले पार्टीभित्रको महाकाली नदी सन्धिविरोधी ४६ जना सांसद्‍हरुको समूहले नेपाल कम्युनिष्ट पार्टी - मार्क्सवादी-लेनिनवादी (नेकपा-माले) नामको अलग्गै पा‌र्टी गठन गर्‍यो । सन् १९९९ को निर्वाचनमा फूटका कारण निराशाजनक परिणाम प्राप्त भएपछि यी दुवै पार्टी सन् २००२ मा पुनः एकीकरण भए।

यसरी दुई पार्टी एकीकरण भएपनि नेकपा-मालेभित्रको एउटा समुह नेकपा-मालेकै हैसियतमा रहिरह्यो, जुन आज सातदलीय गठबन्धनको एक घटकका रुपमा रहेको छ । यसको नेतृत्व सिपी मैनालीले गरेका छन्। यस पार्टीले वि स २०५६ को निर्वाचनमा भाग लिएर देशव्यापी कुल मतको छ प्रतिशत मत पायो, तर एउटै पनि सिट जित्‍न भने सकेन। सन् १९९९ मा पार्टीले एक जना सदस्य माथिल्लो सदन राष्ट्रिय सभामा निर्वाचित गर्‍यो। वि स २०६४ को संविधानसभा निर्वाचनमा यस पार्टीले प्रत्यक्षतर्फ एउटै सिट नजिते पनि समानुपातिक आधारमा आठ सिट हासिल गरेको छ।